工程做完了发现有些地方质量不过关，甲方能不能以此为由拒付全部工程款？很多发包人对这个问题有误解，以为只要发现质量问题就可以不给钱，实际上法律不是这样规定的。
根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》相关规定，建设工程施工合同无效但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿。建设工程质量不合格的，发包人可以要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工改建，经过修理或者返工改建后造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。
也就是说，如果工程整体已经完工，只是存在部分质量瑕疵，发包人不能以此为由拒付全部工程款。发包人的权利是要求施工人修复质量问题并承担违约责任，而不是直接不付款。但如果工程质量问题已经严重到影响安全使用且无法修复，那情况就不同了，发包人可以拒绝接收并要求施工人承担赔偿责任。
重庆律师建议，发包人在发现工程质量问题后应当通过书面方式通知施工人限期整改，并保留质量问题现场的影像资料等证据。如果施工人在合理期限内不整改或整改后仍不合格，发包人可以自行委托第三方修复并从工程款中扣除相应费用。
两江新区律师提醒，工程质量纠纷中最关键的是质量问题的证据固定，建议在发现问题的第一时间委托有资质的鉴定机构进行质量鉴定，为后续维权提供有力支撑。
本文观点仅供参考，具体法律问题请结合实际情况咨询专业律师。