老陈的施工合同约定以审计结论作为结算依据，可审计机构出具的结论明显偏低，连老陈实际投入的成本都覆盖不了。老陈很气愤，这明显不合理的审计结论到底能不能不认。
《民法典》第五百零九条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）（法释〔2026〕12号）对以审计作为结算依据的情形作出了规范。
虽然合同约定以审计结论结算，但如果审计结论明显背离实际，有失公允，老陈可以依法主张不采纳该审计结论，申请人民法院通过司法鉴定等方式重新确定工程价款，以保护自己的合法权益。
建议老陈保留施工合同，结算资料和审计报告，梳理审计结论与实际不符的具体项目和证据，必要时依法向人民法院起诉，申请司法鉴定重新确定工程价款。
在重庆两江新区遇到工程审计，结算争议等建设工程纠纷，可以咨询重庆律师或两江新区律师，依法维护自己的合法权益。
本文观点仅供参考，具体法律问题请结合实际情况咨询专业律师。本文列举的案件仅为普法所需，不代表真实发生。