老周在渝北区承包工程后，因资金周转困难，一度拖欠了部分工人工资。发包方为了平息矛盾，直接代老周向工人发放了工资，随后在结算工程款时，把这笔钱从应付老周的工程款里扣掉了。老周觉得不合理。老周很困惑，这发包人代发工人工资后，到底能不能直接从工程款中抵扣。
《保障农民工工资支付条例》第三十一条规定，分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法向分包单位追偿。《民法典》第五百六十八条规定，当事人互负债务，该债务的标的物种类，品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。
发包方代老周向工人发放工资，实质上是替老周清偿了其拖欠的工资债务，这笔钱依法可以从应付老周的工程款中抵扣。老周应当依法接受这种抵扣，同时厘清代发工资的数额是否准确，避免重复支付，发包方也应当依法保存好代发凭证。
建议老周核对发包方代发工资的名单，金额和发放记录，确认代发数额准确无误，在结算时依法确认抵扣，对多扣或误扣的部分依法提出异议，必要时依法处理，维护自身合法权益。
在重庆两江新区遇到工资代发抵扣，工程款结算等建设工程纠纷，可以咨询重庆律师或两江新区律师，依法维护自己的合法权益。
本文观点仅供参考，具体法律问题请结合实际情况咨询专业律师。本文列举的案件仅为普法所需，不代表真实发生。